מבקר המדינה מקדיש פרק נרחב לבדיקת הפיקוח על מתן רישיונות וזיכיונות לניצול משאבי טבע ואת אופן גביית התמלוגים בגינם. מסתבר שמשאבי טבע ששייכים לכולנו הועברו לניהולם של גופים פרטיים וחברות שונות מבלי לדאוג להעברת התמלוגים לציבור הישראלי.
הביקורת נעשתה באגף החשב הכללי במשרד האוצר; ברשות מקרקעי ישראל; במשרד האנרגיה והמים; ברשות המים; ובמשרד התעשייה, המסחר והתעסוקה.
בין ממצאי הבדיקה התברר כי הממשלה טרם ביצעה בחינה מקיפה של כלל ההיבטים של סוגיית ניהול משאבי הטבע של מדינת ישראל ושיעור התמלוגים המוטלים בגין השימוש בהם, לרבות היבטים של איכות הסביבה.
כמו כן התברר כי רשות המים טרם השלימה הליך להסדרת גבייתו של תשלום נאות מחברות המים המינרליים בישראל בגין ניצולו של משאב טבע זה. רשות המים לא עדכנה את שיעור התמלוגים בגין החצץ הנכרה במחצבות שנהנו מפטור ממכרז, למרות החלטת מועצת מקרקעי ישראל לבחון נושא זה ולמרות תוצרי העבודה הכלכלית שבחנה את הנושא. כמו כן התגלו כשלים וליקויים של ממש בהפעלת מנגנוני הבקרה והפיקוח של רמ"י על דיווחי התמלוגים של בעלי המחצבות.
עוד קובע המבקר כי רשות המים אינה פועלת בנחרצות לגביית חוב דמי החכירה בגין הקרקעות שחוכרת חברה מסויימת שאין המבקר מציין את שמה. במשך שנים לא קיים משרד התמ"ת בקרה שוטפת על אופן חישוב התמלוגים שמשלמת חברה זו.
במשרד האנרגיה והמים לא התבצעו במהלך השנים בקרות כמותיות כדי לאמת את דיווחי חברה נוספת שגם שמה אינו מוזכר על כמויות הפוספטים שכרתה.
עוד מגלה המבקר כי מערכת המחשוב של מינהל אוצרות הטבע שבמשרד האנרגיה והמים אינה מתאימה לניהול חשבונאי הולם של בסיסי הנתונים על התמלוגים שגובה המינהל.
המבקר מסכם פרק זה וקובע כי "פעילות הממשלה בתחום גביית התמלוגים בגין ניצול משאבי טבע לא הייתה מספקת. לדעת משרד מבקר המדינה, על הממשלה לפעול על מנת להבטיח, ככל שניתן, שכלל האזרחים, וכן דורות העתיד, ייהנו ממשאבי הטבע המוגבלים הקיימים במדינת ישראל".
לדבריו "על הממשלה לבצע בחינה מקיפה של סוגיית התקבולים ממשאבי טבע - לרבות אלו שאינם נגבים בגינם תמלוגים - בשיתוף כלל המשרדים הנוגעים בדבר, וזאת כדי לוודא כי המשאבים יחולקו באופן הוגן על פי עקרונות הצדק החלוקתי. יש לוודא כי משאבים אלה יטופלו וינוהלו בדרך שתבטיח כי יישמרו האינטרסים החיוניים של המדינה וכי תתקבל בגינם תמורה הולמת גם אם יבוצעו עסקאות עם משקיעים אחרים. על הממשלה לפעול מיד ובאופן מערכתי לייעולם ולהעמקתם של הפיקוח, הבקרה והגבייה של התמלוגים ולתיקון הכשלים שהועלו בדוח זה".
