ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר האוצר יאיר לפיד הודיעו לפני זמן קצר על מינויה של הד"ר קרנית פלוג לנגידת בנק ישראל. "התרשמנו מתפקודה של ד"ר פלוג בחודשים האחרונים בראשות בנק ישראל", אמרו נתניהו ולפיד, "אנו בטוחים שתמשיך לסייע לנו בהצעדת כלכלת ישראל להישגים נוספים מול הטלטלה הכלכלית העולמית". ביולי 2011 מונתה פלוג לתפקיד המשנה לנגיד בנק ישראל. בתחילת יולי 2013, בעקבות פרישתו של סטנלי פישר מתפקיד נגיד בנק ישראל, מונתה לממלאת מקום הנגיד. ד"ר קרנית פלוג הודתה לראש הממשלה ולשר האוצר על מינויה ואמרה כי ניצבים אתגרים משמעותיים בפני בנק ישראל והמשק הישראלי. פלוג הדגישה כי היא מצפה לעבוד בשיתוף פעולה מלא עם צוות העובדים והמנהלים המקצועי והמסור של הבנק, כמו גם עם גורמים ממשלתיים שונים, על מנת לעמוד באתגרים הללו. יו"ר האופוזיציה, ח"כ שלי יחימוביץ', אמרה כי היא "מסירה את הכובע" בפני ראש הממשלה נתניהו על מינויה של ד"ר פלוג לנגידת בנק ישראל."ד"ר פלוג היא המועמדת המנוסה, המוכשרת והמתאימה ביותר לתפקיד, גם אם איני מסכימה עם כל עמדותיה. על אף שתהליך המינוי היה לקוי ולעתים נלעג, דרוש היה אומץ לב מצד נתניהו לחזור בו מטעויותיו ולתקנן, ובמבחן התוצאה קיבל את ההחלטה הטובה ביותר". יחימוביץ' הוסיפה כי מעבר לכישוריה הייחודיים, יש משמעות לכך שלראשונה בישראל ממונה אישה לתפקיד נגידה. "המינוי מאיר את ישראל באור נאור ושוויוני בקהילה הבין לאומית, דבר מעניק נקודת זכות למדינת ישראל". נגיד בנק ישראל לשעבר, הפרופ' סטנלי פישר, בירך את ראש הממשלה ושר האוצר על מינויה של ד"ר פלוג. "אני יודע שההחלטה לא היתה קלה, אבל אני גם יודע שלאורך כל הדרך ראש הממשלה ושר האוצר חיפשו את המועמד המתאים ביותר לטובת המשק". פישר סיפר כי "בשמונה השנים בהן שימשתי כנגיד למדתי להכיר ולהעריך את קרנית, את כושר השיפוט שלה ביחס למצב המשק ואת החלטותיה לגבי המדיניות המוניטרית. עמדתי מקרוב על כושר המנהיגות שלה, קור הרוח, היכולת לנהל אנשים ותהליכים, והדיאלוג המקצועי המעמיק שהיא מנהלת עם גורמים ממשלתיים וכלכליים". בשנים האחרונות היתה פלוג גורם מרכזי בקבלת החלטות חשובות. "דבר שהכשיר אותה לשמש כנגידה ראויה, לצד ניסיונה והיכרותה עם גורמים כלכליים בינלאומיים", העיד פישר ואיחל לה הצלחה רבה בהתמודדות עם האתגרים הניצבים בפני הממשלה והמשק. סגנית שר התחבורה, ח"כ ציפי חוטובלי (הליכוד ביתנו) בירכה על מינוי אישה לתפקיד הבכיר ואמרה כי מדובר ב"אבן דרך היסטורית וחשובה לשוויון בין גברים לנשים. התחום הכלכלי נתפס בעבר כגברי ומעולם לא כיהנה אישה במשרות בכירות במגזר הציבורי - לא בתפקיד נגיד בנק ישראל ולא בתפקיד שר אוצר. "התפוררות החסם המגדרי במגזר העסקי ובתוך כך בבנקים בישראל יצרה מציאות בה נשים מכהנות בתפקידי מפתח בכלכלה הישראלית, מציאות שחלחלה כפי שאנו רואים כיום גם לסקטור הציבורי. ד"ר קרנית פלוג הוכיחה כי יש לה את הכישורים המתאימים ואני מאחלת לה בהצלחה בתפקיד", אמרה חוטובלי.
