הרב הראשי לשעבר, הרב אברהם שפירא, שלח לרב הצבאי הראשי, ישראל וייס, מכתב ובו התייחס לראיון שפורסם עימו בעיתון "במחנה": "נשתוממתי עד מאוד על תוכן הדברים, אשר לענ"ד אינם עולים בקנה אחד עם רצון התורה.. אולם, לא משום כך טרחתי לשלוח אליך מכתבי זה, אלא משום הניצול הציני ושרבוב שמי בנוגע להנהגותיך והוראותיך לחיילים.. הרי הבהרתי לך במענה לשאלתך באותה פגישה, כי לענ"ד אסור בשום אופן להיות שותף או לסייע בגירוש יהודים מביתם, בהריסת בתי כנסת, ובפגיעה בקברים, וגם רב צבאי בכל דרגה שהוא מוזהר בדברים אלו שהם אסורים ע"פ ההלכה". "אם כפי שאתה טוען שאתה תלמידי, בבקשה ממך תשמע לדעתי ולא תורה הפוך ממני, ואם אינך כך, אל נא תשתמש בשמי למילוי משימותיך. כדאי להיזכר בדברי חז"ל יש קונה עולמו בשעה אחת. ויש מאבד עולמו בשעה אחת. אל תהיה שותף לדבר עבירה! כולנו תפילה כי זכות תפילות של ישראל ומסירות נפשם למען א"י, יבטלו מעלינו כל גזירות קשות ונתבשר בבשורות טובות וישועות".