חזית פלשתינית אחידה מקיר לקיר נגד האפיפיור בעקבות דברים שנשא בנדיקטוס ה- 16 נגד רעיון הג'יהאד שביסוד האסלאם. בהרצאה השבוע באוניברסיטה בגרמניה ציטט האפיפיור (12 בספטמבר) את דברי הקיסר הביזנטי מהמאה ה- 14, מנואל השני, אשר אמר: "הראו לי מה החידושים שהביא מוחמד. אתם תמצאו רק דברים רעים ובלתי אנושיים, כמו הציווי שלו להפיץ את האסלאם בחרב על פי האמונה, שהוא הטיף לה". עוד ציין האפיפיור, כי האלימות המגולמת בתפיסת הג'יהאד "עומדת בסתירה לרצון האל" וקרא ל"דיאלוג אמיתי ודחוף בין התרבויות".

התאחדות "חכמי הדת של פלשתין", הנשלטת ע"י החמאס, גינתה בחריפות את דברי האפיפיור וכינתה אותם "הבל ורעות רוח" המהווים "פגיעה ברגשות מיליארד וחצי מוסלמים בעולם" ו"עומדים בסתירה לעובדות ההיסטוריות". האסלאם מתפשט, לשון ההודעה, באינדונזיה, מלזיה ומרכז אפריקה בזכות ההכרה באמיתות האסלאם ולא בחרב ו"עשרות אלפי אמריקנים, אירופאים, יפנים ואוסטרלים מקבלים עליהם את האסלאם מדי שנה". הארגון קרא לאפיפיור לחזור בו מדבריו ולהתנצל בפני המאמינים המוסלמים, שכן "דת האסלאם אינה עושה שימוש באלימות בהפצת האמונה" ו"מעניקה חופש דת" ו"ראייה לכך שהכנסיות נותרו קיימות עד היום (במדינות המוסלמיות)".

ראש בתי הדין השרעיים ברשות הפלשתינית, השיח' תיסיר תמימי, נקט בקו דומה ודרש מהאפיפיור להתנצל באופן רשמי. לדבריו, האפיפיור פעל בניגוד לכללי הדיפלומטיה בנאומו וחרג ממנהגו של האפיפיור יוחנן פאולוס השני ומדרכה של הכנסייה הקתולית בדיאלוג בין הדתות. דובר ה'פתח', פהמי זעאריר, הזהיר כי דברי האפיפיור עלולים לעודד התנגשות בין תרבויות. גם הוא לימד סנגוריה על דת האסלאם אותה כינה "דת של אהבה ושלום המאפשרת חופש אמונה".