הורים חרדים לילדים הנזקקים לחינוך מיוחד זועמים על מה שהם מגדירים כאפליה חמורה מצד משרד החינוך לילדיהם לעומת ילדי החינוך הממלכתי. זאת כיוון שלדבריהם ילדיהם אלה אינם זוכים לטיפול המוגדר כפרה-רפואי, טיפול המתחייב לא רק לשיפור איכות חייהם אלא לעיתים כדי למנוע פגיעה ממשית בגופם עד כדי סיכון חיים ממשי שלהם את עצמם. כמו כן נודע כי מנהלי תלמודי תורה של החינוך העצמאי החרדי קיבלו הבהרה ולפיה אם עד כה קיבלו תקציב לסייעות וסייעים לילדים מוגבלים מאוד, הרי שהתקציב המדובר יופסק החל משנת הלימודים הבאה. את ההורים מייצג ארגון ההורים הארצי לילדים עם צרכים מיוחדים 'שתיל'. יו"ר הארגון, הרב ד"ר משה ליבוביץ', מספר כי עד כה היו תקציבים אלה מועברים במסורה ו"למקורבים בלבד", כלשונו, אולם כעת גם תקציב זעום זה לא יועבר, והתלמידים יישארו ללא הסיוע המתבקש ומתחייב. הרב לייבוביץ' שיגר מכתב למנכ"ל משרד ראש הממשלה, רענן דינור, והציג בפניו את הנתונים אך לפי שעה לא זכה לתגובה. כמו כן שיגר הארגון מכתב ליו"ר המועצה לשלום הילד, ד"ר יצחק קדמן, ובו פרס בפניו את המצוקה בפניה עומדות המשפחות החרדיות, והסיכון הקיים לילדיהם בהיעדר טיפול מתבקש. במכתבו מאשים הרב ליבוביץ' וקובע כי תלמידים אלה אינם מקבלים "את הטיפול הפרא רפואי והרפואי המגיע להם בשל נכותם וצרכיהם המיוחדים ככל ילד אחר במדינת ישראל". בהעדר די סיוע לתלמידים, מספר הרב ליבוביץ', קיימים מקרים רבים בהם הורים נאלצים להיות צמודים לילדיהם במהלך היום כולו ולוותר על עבודה. הרב ליבוביץ' מחריף את דבריו ומספר גם על מקרי מוות של ילדים בעקבות היעדר די סיוע פרא-רפואי. לדבריו מדובר ב"זלזול בבריאותם ובחייהם של אותם ילדים יקרים עד כדי התעללות בהם ובבני משפחותיהם". כמו כן קובל הרב ליבוביץ' על מצוקה נוספת הקיימת דווקא בבתי הספר החרדיים המוכרים. לדבריו לבתי ספר אלה דווקא כן העביר משרד החינוך סכומי כסף לצורך קבלת הטיפול הרפואי והפרא-רפואי, אולם מאחר ואין די בעלי מקצוע חרדיים רבים המומחים בתחום זה הטיפול אינו מבוצע. מנגד, לדבריו, משרד החינוך אינו מפקח על ביצוע הטיפול והשירות לו נזקקים וזכאים הילדים. כיוון שכך מוצאים את עצמם ילדי המגזר החרדי הנזקקים ללא קבלת הטיפול המתחייב למרות שלכאורה הועברו המשאבים להענקת טיפול זה. כמו כן לטענתו המשרד מעביר סכומים נמוכים לצרכים אלה, "שליש בלבד מהסכום הנדרש", לטעמו גם לאנשי משרד החינוך ברור שעם סכום כה זעום, התלמידים אינם מקבלים את הטיפול הנצרך, אך איש אינו משנה את המציאות הקשה. בימים האחרונים פנה גם חבר הכנסת הרב חיים אמסלם לשרת החינוך, ודרש כי זו תבטל את מה שהוא מגדיר כ"אפליה חמורה ונוראה בין דם לדם". בעקבות המידע לפיו כאמור, התבשרו מנהלי תלמודי תורה שאינם מוכרים ע"י משרד החינוך, כי החל מהשנה הם אינם זכאים למסייע עבור ילדים נכים הלומדים במוסדותיהם שהינם מעל גיל גן חובה, קובע הרב אמסלם כי "אם הדבר נכון, וניתנה הוראה להפסיק תקצוב מסייע לתלמידים במוסדות חרדיים, הרי שיש בכך עוול נורא ואפליה חמורה שאין לה שום הצדקה. הנני מצפה לתיקון מיידי וביטול קיצוץ מרושע זה". את טענותיו שטח הרב ליבוביץ' גם בפני יו"ר ועדת החינוך של הכנסת, חבר הכנסת הרב מלכיאור. בתגובה שוגר לו מכתב ובו נאמר כי בעקבות תלונתו בוצעה בדיקה במשרד החינוך של המדיניות הקיימת והוברר, כי המוסדות החרדיים המוגדרים כמוסדות פטור אינם זכאים לשירותי החינוך המיוחד כיוון שלא עברו את וועדת ההשמה של משרד החינוך. זאת כיוון שמדובר במוסדות חינוך שאינם כפופים לחוק הפיקוח. התוצאה המיידית היא שהילדים הזקוקים לחינוך מיוחד ושייכים לחינוך העצמאי של החינוך החרדי אינם זוכים לטיפול פרא-רפואי. עם זאת מלשכתו של ח"כ מלכיאור נמסר כי ייתכן והישועה תבוא לילדים החרדים דווקא מכיוונו של חבר הכנסת אחמד טיבי, המגיש הצעת חוק פרטית ולפיה יוסדר טיפול זה לילדי החינוך העצמאי בהכרה המהווה "סוג של רישיון". במשרד החינוך שוללים את הטענות. בהתייחסם לטענות לפיהן תלמידים בבתי ספר מוכרים מקבלים תקציב שאינו עולה על שליש מהסכום הנדרש, ואין פיקוח על ביצוע העברות הכספים והטיפול בילדים הנזקקים, אומרים במשרד כי אין כל הפלייה ובתי הספר של המגזרים השונים מקבלים יחס זהה ותקציבים שווים: "מוסדות חינוך של המוכר שאינו רשמי מקבלים באופן שיווני ללא יוצא מן הכלל מתוקף חוק 100% מימון לפי חוק חינוך מיוחד כמו שאר המוסדות של החינוך הממלכתי". לעומת זאת מעניקים במשרד אישור להיעדר טיפול פרא-רפואי ורפואי במוסדות החינוך הבלתי רשמיים ומוכרים, מוסדות המוגדרים כ"מוסדות פטור". במשרד מבהירים ש"חוק חינוך מיוחד, התשמ"א – 1988, חל על מוסדות רשמיים ומוסדות מוכרים שאינם רשמיים ואינו חל על מוסדות הפטור". גורם במשרד החינוך מתבטא באופן מעט יותר נוקב ואומר: "לא ייתכן שמי שלא רוצה לקבל את ההנחיות והדרישות של משרד החינוך יתלונן כשהוא לא מקבל תקציבים. הם האשמים בכך ומנסים כעת להטיל את האחריות לפתחה של המדינה. בכול דבר מאשימים את המדינה", הוא אומר. לעומת זאת הרב ליבוביץ' אינו מקבל את טענות לפיהן אין להעביר תקציבים למוסדות שאינם נכונים לקבל את תכתיבי התוכן של משרד החינוך. "בנושאי החינוך אני מקבל ומבין את החלוקה. אבל יש כאן ילדים במדינת ישראל שצריכים טיפול וסיוע שלפעמים הוא מציל חיים, וזה לא קשור להחלטת ההורים לשלוח אותם למוסדות חינוך כאלה ואחרים. מדובר בצורך הכרחי של ילדים במצוקה. יש כאן אפליה ברורה ומסוכנת של הילדים החרדיים".