על פי כמה היסטוריונים, היה זה דון שמואל פאלאג'י, שהיה אציל, עשיר, סוחר בינלאומי, תלמיד חכם וגם שודד־ים־ברישיון מטעם השליט המרוקאי בזמנו, היהודי הראשון שישב ברשות המלכות בעיר הבירה אמסטרדם שבהולנד, שהייתה אז, לפני למעלה מארבע מאות שנה, ריקה מיהודים. את הרשות קיבל עקב "השירותים המיוחדים" שנתן למלך הולנד, שכללו ריגול בינלאומי, תיווך בעסקאות ענק ועוד. לקראת הימים הנוראים של שנת שנ"ז הוא הקים בביתו את מניין התפילה הראשון בעיר עבור משפחתו ואורחיו, ובהמשך קיבל רשות להקים גם את בית הכנסת הראשון, שסביבו קמה הקהילה הספרדית־פורטוגזית הקיימת עד היום. באותן שנים התקיימה מלחמה בין הולנד לספרד, ולכן העדיפו היהודים שבאו מספרד ומפורטוגל לקרוא את שם קהילתם "הקהילה הפורטוגזית" ולא הקהילה הספרדית, ופורמלית כך שמה עד היום.

באותה תקופה, כמאה שנים לאחר גירוש ספרד, החלו להגיע לאמסטרדם, שהייתה אחת הערים החופשיות היחידות באירופה, אנוסים רבים מספרד ומפורטוגל, ובהם גם משפחת אספנוזה (שפינוזה), משפחת אנוסים שחזרה ליהדותה בגלוי. אחד מבני המשפחה היה ילד מוכשר בשם ברוך, שאחרי שנות לימוד מעטות במוסדות הקהילה עבר ללמוד, לבדו ובאוניברסיטה המקומית, מדעים שונים ובהם פילוסופיה, ובמשך הזמן פיתח השקפות פילוסופיות חדשניות וכפרניות ופרסם אותן ברבים, ובמקביל גם החל לזלזל בקיום המצוות. הוא הוזהר פעם אחר פעם על ידי ראשי הקהילה, אך ההתראות לא עזרו, ולכן הוא הוחרם על ידי פרנסי הקהילה ורבניה כאשר הוא רק בן כ"ד שנים, וכתביו צורפו לרשימת הספרים האסורים לקריאה על ידי חברי הקהילה, ובהמשך הוחרמו גם על ידי הממסד הקתולי. שפינוזה קנה לו מעריצים רבים ברחבי הולנד והתפרסם מאוד, ועד היום הוא נתפס כאחד המייסדים של החילוניות והמודרניות.

יהודים מפורסמים רבים התפללו בבית הכנסת הפורטוגזי באמסטרדם, ובמשך דורות רבים הוא נחשב לאחד המרכזים היהודיים החשובים במערב אירופה. הקהילה סביבו התקיימה דור אחר דור, ובית הכנסת אף שרד את הכיבוש הנאצי. לאחר מלחמת העולם שבה לפעול בו קהילה מתפקדת, אף שהיא לא הצליחה להגיע למעלה ולחשיבות שהיו לה בדורות עברו.

בשנים האחרונות החל פרופסור לפילוסופיה, יהודי מניו יורק בשם יצחק מלמד, לחקור את תורותיו של שפינוזה. הוא כתב עליו מאמרים ומחקרים, ובשלב מסוים החליט לצלם סרט על חייו ודמותו. בין השאר הוא רצה לחזור למקום שבו הכול התחיל, ולצלם קטעים לסרט בתוך בית הכנסת העתיק באמסטרדם ותלמוד התורה שלידו, אך להפתעתו סורב בתוקף. שפינוזה גורש מבית הכנסת בשל דברי הכפירה שכתב בספריו, והודח לצמיתות מהקהילה היהודית באמסטרדם בגלל שזלזל בקיום המצוות, ולא ייתכן, אם כן, לדעת הרב ופרנסי הקהילה, לשתף פעולה עם גורמים שכל מטרתם להאדיר את זכרו של הכופר.

הרב יוסף בנימין צרפתי, רבה הנוכחי של הקהילה הפורטוגזית־ספרדית באמסטרדם, עמד בראש המתנגדים. במכתב חריף ששיגר לפרופ' מלמד כתב הרב צרפתי כי החרם שהוטל לפני ארבע מאות שנה על ברוך שפינוזה עדיין בתוקף: "החכמים והפרנסים של קהילת קודש תלמוד תורה נידו נידוי חמור את שפינוזה וכתביו, איסור שנשאר בתוקף לעולם ולא ניתן לבטלו", ולכן הרב צרפתי אינו יכול להסכים לשיתוף פעולה עם מפעל הנצחה לשפינוזה. עוד כתב הרב צרפתי למפיק הסרט: "הקדשתָ את חייך לחקור את יצירותיו האסורות של שפינוזה ולפתח את רעיונותיו. בקשתך לבקר במתחם שלנו, בבית הכנסת ובישיבת 'עץ חיים' שעל ידו, לשם יצירת סרט עליו, אינה מתיישבת עם ההלכה, ואנו רואים זאת כהתקפה נגד הזהות והמורשת שלנו. לפיכך אני דוחה את בקשתך, ומכריז עליך כאישיות בלתי רצויה בכל מתחם בית הכנסת הפורטוגזי". חד וחלק.

השמועה אומרת שפרופ' מלמד ניסה כתחליף לצלם את הקטעים הנ"ל קרוב לבית, בתוך קהילת 'שארית ישראל' הספרדית בניו יורק, שבית הכנסת שלה נבנה כהעתק של בית הכנסת הפורטוגזי באמסטרדם. להפתעתו הגדולה גם שם, באמריקה החופשית והליברלית בת ימינו, דחו אותו ואת בקשתו בשתי ידיים. חרם זה חרם.

ייתכן שיהיו כאלו שיראו בדבר אנכרוניזם אמיתי. האם חרם שהוכרז על פלוני לפני ארבע מאות שנה אמור להיות עדיין רלוונטי למישהו? בעיני רבים זה אפילו ייראה מגוחך. אבל אני הקטן מלא הערכה לרב צרפתי ולפרנסי הקהילה הפורטוגזית של אמסטרדם. לא קל במצבים כאלו לפעול נגד הזרם ולהצטייר כמיושנים ומאובנים מול העולם הסואן והמודרני שמסביב, אבל גם לנו יש עקרונות: ראשית, מבחינה פורמלית החרם של הקהילה הפורטוגזית על אחד מחבריה, יהודי בשם ברוך שפינוזה, מעולם לא הוסר. זו עובדה, וזה מחייב מבחינה הלכתית. ועקרונית – כל מהותה של הקהילה ולוז תפקידה הם שמירת המסורת היהודית דור אחד דור, ואי אפשר לשתף פעולה בהאדרת זכרו של מי שבא במעשיו לנתק את השלשלת ולזלזל בכל מה שקדוש ויקר לנו. כל יהודי שמזכיר למשל בקידוש בליל שבת שהשבת היא "זכר ליציאת מצרים", מצהיר למעשה בקול רם שהוא חולק על תורותיו של שפינוזה, מכחיש שה"טבע" הוא הריבון האמיתי, מעיד על עצמו שהוא מאמין באמונה שלמה בכוחותיו של בורא העולם ובשליטתו בעולם כולו, ויחד עם זאת בכל שאר עיקרי האמונה.

אשריך הרב צרפתי שעמדת יציב על דעתך, ולא נכנעת לרוחות החדשות וללוחצים עליך מכל עבר. קיימת בהידור את הכתוב בסעיף הראשון של השולחן ערוך: "ולא ייבוש בפני בני אדם המלעיגים עליו בעבודת ה' יתברך".