השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר הנחה את גופי משרדו להפסיק את שיתוף הפעולה של המשטרה עם קרן וקסנר. במכתב ששלח בן גביר למפכ"ל המשטרה, רנ"צ יעקב שבתאי, הנחה השר את גופי משרדו והמשטרה להקפיא השתתפות קצינים בכירים בהשתלמויות של קרן וקסנר עד לבחינת הנושא זאת בעקבות חשש שעלה כי קרן וקסנר מקיימת מעורבות פוליטית. "בעקבות תלונות שהגיעו לשולחני על זיהוי פוליטי של קרן וקסנר עם השמאל הקיצוני ושתפ"ים עם ארגוני שמאל מובהקים כדוגמת שוברים שתיקה, אנחנו מוציאים את המשטרה מפעילות הקרן. המדיניות שלי ברורה, פוליטיקה מחוץ למשטרה! כך פעלתי בעבר, כך אפעל עכשיו", אמר בן גביר. עוד באותו נושא: למען אחדות העם ואהבת ישראל די לצייר שדים על הקיר הפיץ דיבה על קרן וקסנר ויפצה בעשרות אלפים וקסנר החרדי ואופק חדש בארגון תורת לחימה בירכו את השר ודורשים מנציב שירות המדינה, מראש הממשלה נתניהו, משר הביטחון גלנט, מהרמטכ"ל הרצי הלוי, מראש השב"כ רונן בר, ומראש המוסד דדי ברנע לאמץ את המהלך גם בצה"ל, בשב"כ ובמוסד. "אין לשער את הנזק הערכי שנגרם על ידי הקרן ובוגריה למערכת הביטחון. די לציין את בוגר הקרן יאיר גולן ונאום זיהוי התהליכים שלו כקצה קרחון לתהליכים שהתחוללו במערכת הביטחון כמהלך מוצהר של שתילת 'סוכני שינוי' בחברה הישראלית ובמערכות המדינה, בכדי להבין את עומק הפוליטיזציה בה שרויה המערכת בגלל ווקסנר הפרוגרסיבית הקשורה לעבריין ג'פרי אפשטיין". בנוסף כתבו: "אנו דורשים לאמץ את המהלך גם בצה"ל, בשב"כ ובמוסד, להוציא מתוכם את השפעת קרן ווקסנר ודומיה המשבשות את דעותיהם של בכירי מערכת הביטחון, ולהחזיר את מערכת הביטחון לעם ישראל". לפני כשלוש שנים התקיים דיון בוועדת חוקה, חוק ומשפט של הכנסת בנושא קרן וקסנר וטיב קשריה עם השירות הציבורי בישראל. נציג משרד ראש הממשלה הודיע בדיון כי מנכ"ל המשרד רונן פרץ הנחה להפסיק את ההתקשרות בין נציבות שירות המדינה לבין קרן וקסנר. עו"ד זיו מאור, חבר האגף המשפטי של תנועת "אם תרצו" אמר בדיון כי "תכנית העמיתים של קרן וקסנר מוטה בחריפות לשמאל, מעודדת פקידים לחתור תחת ההנחיות של השרים - וכל ההתקשרות בין המדינה לבין קרן וקסנר היא לא חוקית, משום שהקרן נותנת לעובדי ציבור מתנות במיליוני שקלים בניגוד לחוק המתנות". מתן פלג יו"ר תנועת "אם תרצו" שהיה בדיון הוסיף: "צריך להבין עד כמה הנושא של קרן וקסנר הוא בעייתי. אפילו בבחירות האחרונות הייתה מפלגה שבה יושב בוגר הקרן יאיר גולן ואיש השמאל הקולני אהוד ברק קיבל ממנה מליוני דולרים. מה לגבי גילוי נאות? שתולים של הקרן במערכות המדינה. זה נורא. מה הם מסתירים? אור השמש מחטא הכל, אבל לא קרן וקסנר".
