חבר מועצת הרבנות הראשית ונשיא איגוד רבני הקהילות, הרב שמואל אליהו, התבטא הערב (ראשון) בחריפות נגד בחירתו של השופט יצחק עמית לנשיא בית המשפט העליון. לדברי הרב אליהו, "אנחנו ומאות רבנים שאיתנו לא מכירים ביצחק עמית כשופט וכנשיא בית המשפט העליון. לפני שהוא נושא את עיניו לתפקיד כל כך חשוב, הוא חייב לנקות את עצמו מכל החשדות החמורים שדבקו בו". הרב אליהו תקף את תהליך המינוי וטען כי "המחטף שלו ושל חבריו מאבד את שארית האמון שהייתה לציבור במערכת המשפט". עוד באותו נושא: לכנס את סיעת הליכוד ולהדיח את היועמ"שית העשירונים ששולחים יותר מתגייסים לצה"ל בג"ץ דחה את העתירה נגד מינוי השופט עמית עתירה לבג"ץ נגד מינוי השופט יצחק עמית השר יריב לוין הודיע מוקדם יותר למנהל בתי המשפט כי הוא אינו מכיר במינוי. "כל עוד לא נבחר נשיא לבית המשפט העליון בהליך תקין על פי חוק ובהתאם לסמכויות המוקנות לוועדה לבחירת שופטים וליושב הראש שלה, לא ניתן יהיה לבצע פעולות הדורשות עבודה משותפת בין נשיא בית המשפט העליון ושר המשפטים. לפיכך, הנני להודיע באופן חד משמעי כי איני מכיר בכב' השופט יצחק עמית כנשיט בית המשפט העליון, וההליכים במסגרתם 'נבחר' פסולים מן היסוד ובלתי חוקיים", כתב לוין.