במהלך מלחמת חרבות ברזל ומבצע שומר חומות ישראל נחשפה לסכנה לפגיעה במשק הדלק לשעת חירום, כך חשף היום (רביעי) מבקר המדינה. אנגלמן אמר כי "לקו הצינור אירופה-אסיה חשיבות אסטרטגית עבור מדינת ישראל. ממשלות ישראל לא השכילו להיערך כנדרש לשעת חירום והשתהו בקבלת החלטות. משכך, במלחמת 'חרבות ברזל' וגם במבצע 'שומר החומות' מדינת ישראל נמצאה על סף פגיעה במשק הדלקים בחירום". לדברי המבקר, קצא"א יידעה בשלב מוקדם את המשרד להגנת הסביבה בעניין הרחבת הפעילות בנמל אילת באוקטובר 2020, כשהחברה חתמה על מזכר הבנות להסכם. עוד באותו נושא: מבקר המדינה נגד הרמטכ"ל וראש השב"כ המפלגות חייבות 146 מיליון ש"ח למדינה כך קרס מערך בריאות הנפש אחרי 7 באוקטובר משרד החינוך חייב לפעול למניעת חרמות יחד עם זאת, רק במהלך הביקורת של משרד המבקר ולאחר פרוץ המלחמה, משרד ראש הממשלה פרסם במאי 2024 את מסקנות הצוות הבין-משרדי שהוביל. הצוות ביקש לבטל את מדיניות "אפס תוספת סיכון" - מדיניות שבוטלה על ידי הממשלה לפני כחודש. "מצב זה ממחיש הליך ממשלתי טורי, ממושך ומסורבל לבחינת מדיניות שמשרדי הממשלה הרלוונטיים הסכימו שיש לה השפעות נרחבות על הסביבה, הכלכלה ומשק האנרגייה ועל פעילותה של קצא"א, בפרט על רקע התמשכות מצב החירום בעקבות מלחמת חרבות ברזל החל מאוקטובר 2023", נכתב בדו"ח. לצד זאת, המבקר מצא ליקויים בהתנהלותה של קצא"א בכל הקשור לזווית הסביבתית. לדבריו, קיים סיכון לפגיעה ודלפיות מצנרת החברה כפי שהיה בשנת 2014. מקצא"א נמסר: "קצא"א מברכת על דו"ח מבקר המדינה שקבע באופן חד משמעי שההגבלות שהטיל המשרד להגנת הסביבה על קצא"א סיכנו את הביטחון האנרגטי של ישראל ערב מלחמת חרבות ברזל, פגעו במשק הדלקים, בשל היעדר כשירות לפריקת תזקיקים, במוכנות לחירום, במלאים ובשימור היתירות. עוד ציין המבקר כי קצא"א היא גורם מרכזי וחיוני במשק האנרגיה בזמן שגרה ובזמן חירום. התייחסותו של המבקר לאימוץ מסקנות הצוות הבין-משרדי, בראשות אמיר ברקן, בעניין הרחבת הפעילות בנמל אילת מהווה חיזוק להחלטת הממשלה, ועל משרד רוה"מ, משרדי הביטחון, האנרגיה והאוצר והמל"ל, לפעול בהקדם ליישום החלטת הממשלה, מול המשרד להגנת הסביבה". "מאז הטלת ההגבלות התריעה קצא"א שוב ושוב על הסיכון שבמימושן ועל השלכותיהן על משק האנרגיה והביטחון האנרגטי- דוח מבקר המדינה מוכיח את טענות קצא"א מעבר לכל ספק. מאז ומתמיד וביתר שאת מאז ה-07.10 קצא"א ועובדיה המסורים פועלים סביב השעון לאספקת אנרגיה רציפה לגופי הביטחון ולמשק בישראל והם ימשיכו לעשות כך. קצא"א מצוידת בכל האמצעים המקצועיים ביותר להגנה על ערכי הטבע, הים והסביבה ועומדת בכל התקנים הבינלאומיים".