הממשלה הגישה את תגובתה לבקשות לצו ביניים בעתירות נגד הדחת ראש השב"כ, באמצעות עורך הדין ציון אמיר. בתגובה, טוענת הממשלה כי הסמכות להעברת ראש השב"כ מכהונתו נתונה לה על פי דין, וכי ההחלטה התקבלה פה אחד. "אחריות הממשלה על השב"כ היא חלק מאחריותה לביטחון המדינה. לכן, הסוגיה אינה שפיטה", נטען בתגובה. עוד נטען כי הנפגע העיקרי מההחלטה, ראש השב"כ עצמו, בחר שלא להופיע בפני הממשלה ולהציג את טיעוניו, ואף לא עתר לבג"ץ בעניין. הממשלה סומכת את טענותיה על פסק דין "פוקס נגד היועץ המשפטי לממשלה (מנדלבליט)", שקבע כי אין לדון בעתירה של עותרים ציבוריים בעניין שבו יש נפגע אישי, ישיר ומובהק שבחר שלא לעתור לבג"ץ. בנוסף, הממשלה מצטטת את דברי המשנה ליועמ"ש דאז, מני מזוז, במהלך תהליך החקיקה של חוק שירות הביטחון הכללי, לפיהם "ראש שירות לא יכול לכהן אם הוא לא נהנה מאמון הממשלה". לטענת הממשלה, לא ניתן לכפות על ראש הממשלה והממשלה המשך עבודה עם ראש שב"כ שאינו נהנה מאמונם. הממשלה דוחה את הטענה כי החקירות בעניין קטר גרמו להחלטה להדחת ראש השב"כ, וטוענת כי הסדר הכרונולוגי של האירועים מוכיח אחרת. עוד נטען כי ראש הממשלה אינו חשוד בשום עבירה ואינו נמצא בניגוד עניינים. לסיום, נכתב בתגובה כי מכתבו של ראש השב"כ לממשלה, בו הודיע שאין לו אמון בממונים עליו והטיח בהם האשמות שווא, הוא בפועל מכתב התפטרות.
