בשיעור מיוחד לתלמידיו לקראת הגיוס, התייחס ראש ישיבת מעלות, הרב יהושע ויצמן, למסלולי השירות הצבאי לבני ישיבות ההסדר והביע עמדה ברורה בעד המסלול הרגיל של ההסדר על פני מסלול השילובים.
במסלול השילובים, השנה הראשונה מוקדשת ללימוד תורה והכנה לצבא, לאחר מכן התלמידים משרתים שנתיים בצבא ולבסוף חוזרים לשנת לימודים נוספת כהכנה לחיים.
כמו כן, לאחר שנת השירות הראשונה, התלמידים חוזרים לחודש וחצי לישיבה להתחדשות רוחנית. לעומת זאת, מסלול ההסדר מאפשר תקופה ממושכת יותר של לימוד תורה לצד השירות הצבאי המקוצר.
"שילובים זה פחות ישיבתי, זה דבר שעושים אותו, אבל הוא בדיעבד", אמר הרב ויצמן. "אנחנו מאוד מבקשים ולוחצים על המערכות שיאפשרו לכל מי שמעוניין להיות בהסדר", הוסיף.
עוד ציין הרב כי יש כיום מציאות לפיה כל ישיבת הסדר חדשה שמצטרפת מחויבת לפעול במסלול השילובים: "זה דבר לא נכון. מבינים שצריכים שתהיינה ישיבות הסדר ממש, זה מאוד משנה מהרבה בחינות. ישיבת הסדר היא הצורה היותר מתוקנת, והשנתיים לאחר הצבא אלו שנתיים שאסור לוותר עליהן".