ממשלת חמאס מהדקת את שלטון יד הברזל שהיא מנהיגה מאז השתלטה על רצועת עזה בהפיכה צבאית בקיץ 2007, ובמוקד מדיניות זו הטלת משמעת על ארגוני הטרור הפלסטיניים שלא לחרוג מקווי המדיניות של חמאס. את נחת זרועה חש לאחרונה ארגון "צבא האומה" (ג'יש אל-אומה) המזוהה עם אל-קאעידה ואשר פועל בשנים האחרונות ברצועת עזה והיה מעורב בביצוע פיגועי טרור נגד יעדים ישראליים. בהודעה שפרסם "צבא האומה" טוען הארגון, כי כוחות הביטחון של חמאס עצרו ביום רביעי, ה-3 ביוני 2009, את מנהיג הארגון המכונה אבו חפס אל-מקדסי בעודו בדרכו לביתו בעיר עזה. לדברי הארגון, אל-מקדסי נכלא והיה נתון לחקירות ולעינויים. כמו כן, נמסר כי במהלך חודש מאי (21 ו-23 לחודש) נעצרו 11 פעילים נוספים של הארגון. "צבא האסלאם" האשים את הנהגת חמאס כמי שאינה פועלת בהתאם לרוח דת האסלאם או בהיגיון ברדיפתה את פעילי הארגון באמצעות מעצרים, הריסת מחנות האימונים, החרמת נשק ומניעת הצבת פעילים בעמדות קדמיות מול ישראל בטענה שהשטח שמור לארגונים אחרים. הארגון גינה את חמאס גם על הריגת חפים מפשע וירי מכוון לעבר רגלי פעילים במטרה לגרום להם נכות קשה. ההודעה פונה להנהגת חמאס ותנועת האם "האחים המוסלמים" לשקול מחדש את מדיניות ממשלת חמאס, המשרתת לדברי "צבא האומה" את "התוכנית של היהודים להשתלט על כל פלסטין". ברצועת עזה פועלים ארגונים נוספים המזוהים עם אל-קאעידה והבולט שבהם "צבא האסלאם", אשר היה שותף לחמאס בפיגוע בו נחטף החייל הישראלי גלעד שליט ביוני 2006. לאחר מבצע "עופרת יצוקה" והבחירות בארה"ב נזהר חמאס שלא לחצות קווים אדומים בתחום פעילות הטרור מרצועת עזה והוא עושה שימוש בארגוני טרור השונים כשלוחיו לצורך ביצוע פיגועים ביעדים ישראליים על גבול רצועת עזה. ביום ראשון, ה-14 ביוני 2009, פוצץ כוח של אחד מארגוני הטרור מטען חבלה סמוך לג'יפ של צה"ל מזרחית לח'אן יונס.
