סערה התעוררה בעקבות הפרסום ב"ישראל היום" על החרם שמבקשים רבנים בציונות הדתית להפעיל נגד הרב אליעזר מלמד.
על המכתב שאותו ניסח הרב דב ליאור חתומים בין השאר ראש ישיבת הר המור הרב מרדכי שטרנברג, הרב אליקים לבנון, הרב מיכה הלוי, הרב יגאל קמינצקי ורבנים נוספים. הרבנים שלא לעשות שימוש בספריו לטובת הלכה ויצאו נגד העובדה שנפגש עם גורמים בתנועה הרפורמית.
הרב יעקב מדן, ראש ישיבת הר עציון, הביע צער בשיחה עם "ישראל היום" על המכתבים שיצאו נגד רב הישוב הר ברכה, "הרב מלמד הוא תלמיד חכם עצום, יהודי עצום שכל היום הוגה במצוות. אני יכול להבין שחולקים על ההלכה במקום מסויים, אבל הדרך הזאת לא מוסיפה כבוד או אהבה לתורה בעיני העם. אנו מחלישים את עמוד השדרה שלנו, בעם ובציונות הדתית, שעושה רושם שקצת מפורר. כולנו צריכים לחזק את עמוד השדרה ולא להחליש אותו. גם מצוות 'ואהבת לרעך כמוך' צריכה להיות יותר מורגשת".
הרב מדן הבהיר כי אינו מתכוון לתקוף את הרבנים שחתמו על המכתבים, אלא את קריאתם לחרם. "היו כמה הלכות, בעיקר באחד הספרים החדשים של הרב מלמד, שרבנים חלקו עליהם. אבל אם חולקים על ההלכה צריך לפרסם את המחלוקת ולא להוציא עשרים ספרים מחוץ לבית. מותר, ואפילו מצווה, לחלוק בהלכה, אבל לבוא ולומר שצריך להוציא ספרי הלכה שמדריכים כל כך הרבה אנשים מהבית? אפשר לחלוק עליו בדרכים אחרות".
"כולנו צריכים להגן על כבודו של הרב מלמד. אני קורא בפירוש – לא לחרם על הרב מלמד. אם יש הלכות שצריך לחלוק עליהן – יש לעשות זאת כפי שעשו חכמים בכל הדורות. בדרך הנוכחית – הנזק גדול מהתועלת".
בישיבת הר ברכה התייחסו גם הם לסערה, "לצערנו בעלי לשון הרע ובעלי מחלוקת מסתובבים בין רבנים ומרבים בשקרים. במצגי שווא ובהשמצות המביאים לחילול שם שמיים - מרחיקים את הציבור מלימוד תורה וקיומה. כמו כן, הם מערבבים שיקולים פוליטיים לתוך הדיון התורני במטרה לאיים על רבנים ולמנוע מהם לברר דברי תורה ביושר".
במכתב שפרסם מנכ"ל ישיבת הר ברכה, יעקב וינברגר, הוא אמר כי ישנם גורמים שמנסים "למחוק" את הרב מלמד והם אלו שיזמו את מכתבי החרם. "בתקופה האחרונה קבוצה של אברכים מכמה כוללים וכמה רבנים הקשורים לישיבת הר המור, פועלים להחתמת רבנים נגד 'פניני הלכה'. את המידע קבלתי מרבנים שונים שפנו אליהם וסרבו לחתום. הם פועלים מתוך רצון ל'מחוק' את הרב אליעזר מלמד בשל עמדותיו בנושאים ציבוריים, הקריאה ליחס של כבוד ואהבת ישראל לכל יהודי ובין השאר רפורמים וכן יוזמות השר כהנא. לכך הם מצרפים מחלוקות לגיטימיות בהלכה על שיטות פסיקה והדרכה המופיעות בספרי פניני הלכה".
הוא ציין כי היוזמים החתימו רבנים על בסיס שורות אחדות מספרים ולא על הספר כולו. "אציין שלרב מלמד ב"ה תמיכה גדולה במפעל פניני הלכה בכלל ואמון רחב גם ביחס לעמדותיו הציבוריות מגדולי הרבנים, גם אם באופן אישי הם פועלים אחרת".