ישראל החלה לשחרר הערב (חמישי) את המחבלים מבתי הכלא במסגרת העסקה, זאת לאחר עיכוב של כשלוש שעות. העיכוב בוצע בהנחיית הדרג המדיני, זאת לאחר מראות האימה מחאן יונס הבוקר בזמן שחרור החטופים גדי מוזס וארבל יהוד. דובר ראש הממשלה עומר דוסטרי כתב: "שחרור המחבלים יעוכב עד שתובטח יציאה בטוחה של חטופינו בפעימות הבאות". מאוחר יותר לשכת ראש הממשלה עדכנה כי "בעקבות דרישת ראש הממשלה נתניהו, העבירו המתווכות התחייבות לפיה תובטח יציאה בטוחה לחטופינו שישוחררו בפעימות הבאות". בשל כך הוחלט לשחרר את המחבלים. עוד באותו נושא: ישראל מעכבת את שחרור המחבלים חמאס הביא שני חטופים נוספים לנקודת השחרור עסקה בפעימה אחת – הפתרון להצלת החטופים החזרת החטופים עד שבת או אש הגיהנום בעקבות העיכוב בשחרור המחבלים נרשמו הפרות סדר באזור ביתוניא ליד רמאללה, המרחב שאליו היו אמורים להשתחרר כעת המחבלים. מספר מחבלים זרקו אבנים לעבר כוח צה"ל, שהגיב באמצעים לפיזור הפגנות. בהמשך מחבל פלסטיני ניסה להבעיר פח במרכז הכביש - כוח צה"ל ירה לעברו ופגע בפלג גופו התחתון. בתמורה לשחרורה של אגם ברגר, ישראל תשחרר 30 אסירי עולם ועוד 20 אסירים ששפוטים לתקופות שונות. בתמורה לשחרורה של יהוד, ישראל תשחרר 30 קטינים ונשים. על החטוף מוזס ישראל תשחרר 30 אסירים, מהם 27 ששפוטים לתקופות שונות ועוד שלושה אסירי עולם. בין המשוחררים המחבל זכריא זביידי שנעצר ב-2019 לאחר שהיה מעורב בכמה פיגועי ירי באזור בית אל. בעבר נמלט זביידי מכלא גלבוע, ביחד עם חמישה אסירים מהג'יהאד האיסלאמי, ולאחר חמישה ימים הוא נלכד ונגזרו עליו חמש שנות מאסר. לזביידי שנים ארוכות לפני כן בכלא בישראל, בגין היותו מפקד גדודי חללי אל-אקצא של הפתח בג'נין. המחבל איסמעיל רדאידה שרצח ב-2001 את ציפוקטקיס גרמנוס, נזיר יווני-אורתודוכסי, ותכנן גם לבצע פיגוע באוניברסיטה העברית. המחבל מוחמד אבו ורדה שעמד מאחורי הפיגועים בקו 18 בירושלים ב-1996, שבהם נרצחו 44 בני אדם. מלבד זאת, עמד מאחורי פיגוע בטרמפיאדה באשקלון בפברואר 1996 שבו נרצחה אישה. הוא נידון ל-48 מאסרי עולם בסך הכול. המחבל אשרף אבו-סרור איש הרשות הפלסטינית שהורשע בירי למוות בחייל שחר וקרט ז"ל סמוך לקבר רחל בשנת 2000. המחבל סאמי ג׳ראדאת שהיה אחד המחבלים שאחראים לפיגוע במסעדת מקסים בחיפה ב-2003, שבו נרצחו 21 ישראלים. המחבל מוחמד קשוע שהסיע את המחבל המתאבד שהתפוצץ בשוק בחדרה באוקטובר 2004. נגזרו עליו שישה מאסרי עולם. המחבל מוחמד עאמודי ששילח את המחבל המתאבד לפיגוע בדוכן השווארמה "ראש העיר" בתל אביב ב-2006, אז נרצחו 11 בני אדם והמחבל טארק בטראן - ביצע ב-2004 פיגוע ירי שבו נרצח המאבטח סמי קמלאת.